Se realiza en forma ambulatoria, bajo sedación, y tiene una duración aproximada de 30 a 45 minutos. El procedimiento consiste en examinar el recto y el colon por dentro, a través del ano, mediante un tubo flexible con una cámara incorporada. Se le denomina colonoscopía total si el médico examina la totalidad del colon y recto, y colonoscopía izquierda si se examina el recto y los últimos segmentos del colon.

Antes de realizar este examen es muy importante una preparación adecuada del colon ya que éste debe estar sin deposiciones para tener una óptima visualización de la mucosa del colon y recto. La preparación consiste en una dieta y la administración de laxantes.

Si durante el examen se encuentran pólipos, estos se extirpan según autorización del acompañante; además se pueden realizar otros procedimientos para detener sangrados, todos estos con utilización de insumos adicionales.

Si durante el examen se encuentran otro tipo de lesiones, se toman muestras de tejido para examinarlas (biopsias).